Громадянська війна, що охопила Таджикистан після розпаду СРСР, тривала п'ять років. У кровопролитті взяли
участь різні сили: комуністи, демократи, радикальні ісламісти, представники різних етнічних груп. У конфлікт активно втручалися сусіди, особливо Узбекистан. Свою роль зіграла і російська армія.
Росія та
Узбекистан підтримали владу Таджикистану, тобто вихідців із Куляба та Ленінабадської області. Опозиція (ОТО) підтримувалась різними силами з Афганістану та Ірану. Втім, у 2017 році Іран
заперечив твердження про те, що має стосунок до громадянської війни в Таджикистані.
24 листопада 1991 року в Таджицькій РСР пройшли президентські вибори, перемогу на яких здобув «ленінабадець» Рахмон Набієв, який набрав 56,92% голосів. Опозиція
заявила що вибори були сфальсифіковані.
Після становлення Набієва як президента вся влада була узурпована ним та його правлячою партією. Набієв мав проросійські погляди, і Росія його активно підтримувала. Усі наступні домовленості з російською стороною приймав саме виходець із Ленінабадської області.
Результатом стало те, що всю опозицію намагалися усунути, людей, які були не згодні з виборами, заарештовували та засуджували до ув'язнення. Демократа Максуда Ікромова засудили за нібито наклеп на голову Верховної ради Таджикистану Сафаралі Кенджаєва. Через 3 дні, 26 березня 1992 року, перед Президентським палацом розгорнулися протестні акції, на яких вимагали відставки Кенджаєва.
Кількість людей доходила до 50–60 тисяч. Кенджаєв залишив посаду. Вже 29 квітня опозиція заблокувала Президентський палац, тому керівництво Таджикистану
ввело незмінне президентське правління на невизначений термін.
1 травня президент Рахмон Набієв створив спеціальний батальйон національної гвардії та
роздав своїм прибічникам близько 1800 автоматів. Внаслідок цього в кількох регіонах відбулося кровопролиття та озброєні сутички
Після цього група молодих людей, які називали себе «молодь Душанбе», захопила телецентр та віддала його опозиції. Опозиція намагалася блокувати ключові урядові будівлі та дороги. 7 травня Набієв підписав угоду, за якої опозиція отримувала контроль над вісьмома міністерствами, передбачався розпуск гвардії та обмеження прав президента. Але опозиція на цьому не зупинилася.
Вже влітку розпочалися нові акції протесту, опозиція і так звана «молодь Душанбе» захоплювала все більше радіостанцій та урядових будинків, в процесі
виникали збройні сутички.
На тлі усіх акцій протесту та збройних конфліктів у Ленінабадській області було оголошено про створення «Національної гвардії» чисельністю 2 тисячі осіб. 2 вересня члени кабінету міністрів підписали спільну заяву про недовіру до президента.
7 вересня Рахмон Набієв спробував таємно виїхати до рідного міста Ходжент, яке
контролювалося близькими до нього силами, але його перехопили дорогою в аеропорт. З метою не допустити розправи над президентом до аеропорту
прибули 4 танки, 1 БТР та 1 БМП 201-ї мотострілецької дивізії, а також 4 БТР МВС Таджикистану. Увечері того ж дня після зустрічі з членами Президії Верховної Ради Таджикистану Набієв підписав заяву про відставку. Після цього політична криза в Таджикистані остаточно набула характеру громадянської війни.
Колишній Голова Верховної Ради республіки Сафаралі Кенджаєв утік у Куляб та організував власні загони бойовиків. На основі кулябсько-гісарської коаліції було створено Народний фронт Таджикистану, який проголосив за мету відновлення «конституційного ладу». Лідерами народного фронту стали Сафаралі Кенджаєв та Сангак Сафаров.
Протягом 1992 року в країні тривали постійні сутички, взаємний терор між опозицією та прихильниками влади. Обидві сторони
використовували бронетехніку та важке озброєння. До жовтня 1992 року загальні жертви склали 15–20 тисяч убитими та кілька десятків тисяч пораненими (переважно мирні жителі), сотні тисяч мешканців стали біженцями. З півдня поїхали майже всі переселенці з Узбекистану та Північного Таджикистану. З Таджикистану
виїхали близько 90 тисяч російськомовних жителів.
Загострилася ситуація на таджицько-афганському кордоні, де несли службу російські прикордонники. З весни 1993-го бойовики таджицької опозиції за підтримки афганських моджахедів неодноразово намагалися здійснити прорив кордону. Рано вранці 13 липня афганські моджахеди силами одного батальйону (200 осіб) з-поміж військовослужбовців 55-ї піхотної дивізії афганських збройних сил і бойовиків таджицької опозиції прорвалися на територію Таджикистану,
вступивши в бій з 12-ю заставою. До вечора до місця бою підійшли частини російської 201-ї мотострілецької дивізії, які вибили моджахедів із позицій і відновили цілісність кордону.
З квітня 1994 року до травня 1997-го під егідою ООН пройшло 8 раундів переговорів. 27 червня на 9-й зустрічі в Кремлі ОТО та керівництво Республіки Таджикистан підписали остаточну мирну угоду.
Також цьому сприяв
Міжтаджицький діалог, який допоміг розпочати комунікацію між тими групами, які брали участь у війні.